La plateforme MicroPICell organise une série de formation en analyse d'image.Les informations détaillées sont disponibles sur cette page

Introduction à l’analyse d’images avec QuPath (mai/juin 2024)

Introduction à l’analyse d’images avec Fiji/ImageJ (novembre 2024)

QuPath : outils avancés pour la segmentation (Cellpose) et la classification (juin 2024)

Introduction à Cellprofiler (septembre 2024)

Sensibilisation au Deep Learning + Cellpose human-in-the-loop (octobre 2024)

Introduction à la rédaction de macros dans ImageJ : IJ1 scripting (novembre 2024)

Third International CENN Biennale 31st of May 2024

https://thirdbiennalecenn.sciencesconf.org/?forward-action=index&forward-controller=index&lang=en

We are glad to announce the Third International Center of Excellence Nikon Nantes Biennale dedicated to Advanced Microscopy, which will be held in Nantes (France) in the “Musée des Arts” on 31st of May 2024.

This scientific event, focused on smart microscopy, is organized by the Center of Excellence Nikon Nantes (CENN), a French unique collaboration between Nikon company, MicroPICell platform from BioCore Nantes Université INSERM US16 CNRS UAR3556 and APEX platform from UMR703 PAnTher INRAE Oniris.

It will gather world-renowned scientists, experts in artificial intelligence, microscope automation and smart imaging techniques

Le nouveau groupe de travail France-BioImaging dédié à la microscopie préclinique, dont l'objectif est de faire progresser la microscopie multimodale des échantillons épais pour les études précliniques, organise sa première réunion.

L'événement aura lieu le lundi 12 décembre 2022 à Nantes, à l’Institut de Recherche en Santé, en satellite de l’Annual Meeting de France-BioImaging (13 et 14 décembre) et est ouvert à tous.

L'événement présentera trois aspects de la microscopie préclinique :

• Les technologies d'imagerie (microscopie corrélative, microscopie de tissus épais ou d'organoïdes, microscopie en nappe lumineuse, imagerie intravitale et imagerie sans marquage).
• Analyse d'image (lame entière, analyse corrélative et 3D)
• Cadres réglementaires (éthique de l'expérimentation animale et meilleures pratiques en matière de développement préclinique).

Vous trouverez le programme complet ci dessous

Inscriptions en ligne: https://france-bioimaging.org/announcement/preclinical-microscopy-meeting-december-12th-nantes/
 

Annual meeting



FBI Annual Meeting – Registration open (france-bioimaging.org)
Les 13 et 14 décembre 2022, nous avons le plaisir de vous inviter à notre congrès annuel, qui est organisé par le noeud Bretagne-Loire (MicroPICell, H2P2 et MRIC) à l’Institut de recherche en santé de Nantes Université (Nantes, France).

Histologie : de la préparation d'échantillons à la validation des marquages par analyse d'image

NANTES du lundi 17/10/2022 au jeudi 20/10/2022 ou du mardi 26/09/2023 au vendredi 29/09/2023

La plateforme MicroPICell, en collaboration avec l'organisme de formation continue du CNRS organise en une formation Histologie

Le programme et les modalités d'inscription sont décrites dans le lien ci dessous

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Changement de dates: la formation aura lieu les 30/31 mai et 14/15 juin 2022 (contrairement à ce qui est indiqué dans le document ci dessous).
Les 10-11 janvier ET 27-28 janvier 2022 (4 jours en 2j+2j)

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La deuxième Biennale internationale du Centre d'Excellence Nikon Nantes (CENN) dédiée à la microscopie sur échantillons épais aura lieu sous forme de webinaire zoom les 27 et 28 mai 2021
Organisé par le CENN, partenariat public-privé unique entre la société Nikon, la plate-forme MicroPICell et la plate-forme APEX , le thème de cet évènement scientifique est la microscopie déchantillons épais pour la biologie. Il rassemblera des scientifiques de renommée mondiale, experts en clarification, en optique adaptative, en feuille de lumière et en techniques d'imagerie multiphotonique..
 

Le 01/02/2021

ANNABELLE JUSTIN

Annabelle Justin vient d’être recrutée par l’UMS « Santé F. Bonamy » en tant que technicienne d’histologie sur la plateforme nantaise d’imagerie cellulaire et tissulaire MicroPICell.

Au cours de son parcours professionnel débuté en 1992, elle a vu évoluer les techniques d’immunohistochimie, manuelles puis automatisées. Elle est passée par le privé (laboratoire d’analyses en anatomopathologie en région parisienne) puis l’hôpital (de la Roche-sur-Yon) et son service de biochimie.

La voici désormais sur la plateforme technologique nantaise pour une durée de 8 mois, au service des équipes de recherche en biologie/santé du site. Elle y effectuera les travaux d’histologie et de préparation des échantillons en vue de leur observation en imagerie photonique.

Le 01/11/2020

AURELIE DOMENE

Aurélie Doméné vient d’être recrutée pour un contrat d'un an par l’UMR 1232 CRCINA en tant qu'ingénieure sur la plateforme nantaise d’imagerie cellulaire et tissulaire MicroPICell.

Dans le cadre du LabEx IGO (Immunotherapy-Graft-Oncology), rattachée à l'unité de recherche académique CRCINA-UMR1232 et la plateforme d'imagerie cellulaire et tissulaire MicroPICell, Aurélie a pour principales missions de développer l’utilisation d'une technique de multiplexage Akoya CODEX en mettant au point les protocoles de préparation d’échantillons, d’acquisition et d’analyse des données.

CHANGEMENT DE DATES
 la formation CNRS Entreprise est reportée à la période du 29 novembre au 2 décembre 2021 (horaires et programmes identiques)

La plateforme MicroPICell, en collaboration avec l'organisme de formation continue du CNRS organise en novembre 2021 la formation Histologie : de la préparation d'échantillons à la validation des marquages par analyse d'image

Le programme et les modalités d'inscription sont décrites dans le lien ci dessous

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La plateforme MicroPICell organise en décembre 2019, janvier 2020 et avril 2020 une série de formations internes en analyse d'image. Les places sont limitées.
Les modalités d'inscription sont en lien ci dessous
 

Une nouvelle session de formation étalée sur 2 demi-journées est proposée les 28/02 et 08/03 2019. Lien d'inscription ci dessous
https://evento.renater.fr/survey/formations-introduction-analyse-d-image-sous-fiji-imagej-cmx727h9

S’initier à Image J : installation d’image J, bien le configurer, maitrise du menu de base, installation de plugins Principe de l’acquisition de l’image : diffraction, échantillonnage, résolution Comprendre une image : pixel/voxel, palette des couleurs, histogramme, formats Manipulation des images : stacks, hyper stacks, compression, redimensionnement, dynamique, fonctions arithmétiques La réalisation de figure facile , et reproductible, sous ImageJ. Exemple de manipulation d’image non éthique : frauduleuse ou par manque de connaissance en analyse d’image.

10 janvier 2019

Nous avons le plaisir de vous annoncer la programmation de la 3ème édition de la Folle Journée de l'Imagerie Nantaise, co-organisée et soutenue par près d'une douzaine d'institutions académiques nantaises. Cette 3ème édition se déroulera le mercredi 27 février 2019 à ONIRIS - site de la Chantrerie à Nantes.

Elle continuera de soutenir la représentation de l'imagerie nantaise dans toute sa diversité, et proposera l'ouverture vers de nouveaux champs, comme la photoacoustique cette année, avec l'invitation d'un chercheur du Laboratoire d'Acoustique de l'Université du Maine (LAUM-UMR CNRS 6613). Un intérêt tout particulier sera porté aux communications promouvant des travaux, issus de collaborations nouées au cours des précédentes éditions, ainsi qu'aux travaux sur l'imagerie présentant une forte imbrication avec les sciences humaines et sociales.

Nous espérons que chacune, chacun se reconnaîtra dans un ou plusieurs des grands thèmes abordés et continuera de soutenir cette initiative nantaise visant à favoriser le partage des connaissances et l'émergence de collaborations interinstitutionnelles et pluridisciplinaires.

 

Soumissions et Inscriptions

Les inscriptions et les soumissionssont ouvertes.
Date limite : lundi 28 janvier 2019.

Contact

Si vous souhaitez devenir partenaire de cette journée, ou en cas de question sur cette journée, contactez:
comite_FJIN@univ-nantes.fr

La plateforme MicroPICell a le plaisir d'accueillir:

Bertrand Simon, Professeur au Laboratoire Photonique Numérique et Nanoscience, Bordeaux

pour un séminaire le mercredi 12 décembre de 11h à 12h en amphi Denis Escande, IRS UN, 8 quai Moncousu

Microscopie tomographique diffractive : du principe aux applications.

Résumé: Parmi les techniques de microscopie optique sans marquage, celle qui sont basées sur la mesure de la phase connaissent un regain d'intérêt. En effet, elles permettent d'observer les spécimens vivants avec une bonne résolution temporelle tout en limitant la préparation. Parmi ces techniques, la microscopie tomographique diffractive se présente comme une extension de la microscopie holographique et propose d'observer une distribution tri-dimensionnelle des propriétés optiques de l'objet. Elle permet ainsi de restituer les aspects morphologiques tout en offrant une imagerie quantitative. Les principes en seront exposés ainsi que les dernières applications avec leurs points forts et leurs limites.

Ce séminaire permettra d'introduire les capacités et limites de cette technologie qui sera en prêt sur la plateforme MicroPICell à partir de mi-décembre.

Contact: micropicell@univ-nantes.f

La société Photonlines met à disposition de la plateforme MicroPICell et de ses utilisateurs un système innovant de microscopie sans marquage, le Tomocube HT-2.

Contexte scientifique

L'imagerie cellulaire à l'échelle microscopique joue un rôle crucial dans la recherche et le diagnostic médical. Cependant, les techniques de microscopie classiques n'offrent qu'une palette limitée de paramètres accessibles. En revanche, la Microscopie Holotomographique s’affranchit d'un grand nombre de ces limitations et ouvre une nouvelle approche pour les chercheurs et les médecins afin de comprendre et diagnostiquer les pathologies humaines.

Les systèmes Tomocube d'holotomographie microscopique utilisent l'holotomographie par diffraction optique (ODT) qui permet à l'utilisateur d'explorer les tissus vivants de façon quantitative, dynamique et non-invasive.

L'indice de réfraction (IR) caractérise la façon dont la lumière traverse les différents éléments cellulaires. L'holotomographie utilise un laser pour scanner en 3D la distribution des IR dans les cellules. Le système mesure de multiples hologrammes 2D sous différents angles d'illumination. Il en résulte la construction d'un Tomogramme 3D via un algorithme de diffusion inverse.

Capacités du système

1/ Observer les changement cellulaires sans marquage ou coloration

2/ Acquisition multidimensionnelle 2D (150 im/s), 3D (2,5 im/s)

3/ Visualiser les organelles cellulaires selon la distribution 3D des indices de réfractions

4/ Identifier les changement de paramètres cellulaires quantitatifs

5/ Détecter les organelles marqués par des nano-particules

6/ Observer des vésicules en mouvement au cours du temps

7/ Premier système d'Holotomographie corrélative avec HT2 : combiner des données de fluorescence 3D avec l'holotomographie 3D (Tomogramme)

Applications (non exhaustif)

• Hématologie : Infection par la Malaria, diagnostique de la drépanocytose, analyse de cellules sanguines
• Microbiologie : Classifications bactérienne, imagerie de micro-organismes, analyse de contenu lipidique de micro-organismes
• Immunologie : Classification des globules blancs, caractérisation de la réponse immunitaire
• Nanotechnologies : Imagerie de nanoparticules, marquages d'organelles cellulaires à l'aide de nano-particules
• Biologie cellulaire : Étude du trafic intracellulaire, division cellulaire, imagerie de cellules au cours du temps, quantification, analyse de structure cellulaire

 

Le service Histologie de la plateforme MicroPICell déménage à l'iRS UN, 8 quai moncousu à partir du 22 octobre 2018.

L’accueil des utilisateurs de ce service et la réception des échantillons se fait en pièce 416, 4e étage de l'IRS UN.

Les équipements du service d'histologie sont localisés dans les pièces 416 (4e étage) et 317 (3e étage) de l'IRS UN, dans les locaux du CRCINA

La candidature de la plateforme MicroPICell à l'appel d'offre 2018 IBISA "nouvelles labellisations" a été acceptée. La plateforme intègre l'axe Imagerie Cellulaire du GIS IBISA


 

PRESENTATION

Le GIS IBiSA (Infrastructures en Biologie Sante et Agronomie) a été créé en mai 2007, à la suite de la dissolution du GIP «CNRG » (Consortium de Recherche en Génomique, regroupant CNS, CNG et RNG).

Les membres actuels du GIS sont l'INSERM, le CNRS, l'INRA, le CEA, l'INRIA, l'INCa (Institut National du Cancer), la CPU (Conférence des Présidents d'Université), et les deux directions du Ministère de l'Enseignement Supérieur de la Recherche la DGRI et la DGES. La Présidence du GIS est assurée par Yves Lévy.

Le GIS est doté d'un Comité de Pilotage où siègent les directeurs ou les représentants des entités participantes, et du conseil scientifique Plates-Formes.

LES MISSIONS

Il gère l'accès aux activités de service commun des anciens CNS (Centre National de Séquençage) et CNG (Centre National de Génotypage), maintenant réunis pour former l'Institut de Génomique placé sous la tutelle du CEA.

Il coordonne la politique nationale de labellisation et de soutien aux Plates-Formes et Infrastructures en Sciences du Vivant. Dans cette optique le GIS reprend la politique de labellisation et de soutien en personnel technique des Plates-Formes précédemment réalisée par la Réunion Inter Organisme (RIO), et pilote des appels à projets destinés à équiper ces plateformes ou à leur permettre de promouvoir la mise en œuvre de technologies nouvelles.

Il promeut la mise en place de structures de concertation et de pilotage des plateformes au niveau régional qui ont vocation à devenir des interlocuteurs privilégiés du GIS IBiSA sur le terrain.

Il promeut les activités d'animation (écoles, ateliers thématiques etc …) autour de l'activité des plateformes.

Pour chacune de ces missions le GIS lancera des appels d'offres.

ANIMATION DES RESEAUX

IBiSA a pour mission de promouvoir l'animation des réseaux thématiques autour des technologies développées sur les Plates Formes. 
Ces animations, qui peuvent prendre la forme d'école, d'atelier de formation,... ne sont pas uniquement destinées aux personnels travaillant sur des PF IBiSA, mais ouvertes à toute la communauté, et en particulier aux personnels des plateaux techniques non labellisés.

LA MISSION QUALITE

Le référentiel ISO 9001 est un outil "managérial" qui peut aider les plateformes dans la gestion de leurs activités de prestations de service.

La politique Qualité du GIS IBiSA est donc d'aider, selon les besoins et en concertation avec les organismes de tutelle, les plateformes labellisées IBiSA à mettre en place une démarche de certification ISO 9001 : 
- en proposant aux plateformes des audits de diagnostic pour leur apporter une aide à la décision, 
- en proposant un encadrement et un suivi de leur démarche par la Qualiticienne du GIS, 
- en financant les rencontres du réseau des Qualiticiens des PF IBiSA certifiées, 
- en organisant une coordination nationale des démarches de certification,

La première Biennale internationale du Centre d'Excellence Nikon Nantes (CENN) dédiée à la microscopie avancée  se tiendra à Nantes (France) le 13 juin 2018.
Organisé par le CENN, partenariat public-privé unique entre la société Nikon, la plate-forme MicroPICell et la plate-forme APEX , le thème de cet évènement scientifique est la microscopie à super-résolution pour la biologie. Il réunira des scientifiques de renommée mondiale, experts en microscopie SIM / PALM / STORM.
Afin de créer une identité forte et spécifique pour cet événement, le lieu choisi sera le Musée d'Arts de Nantes, qui offrira une dimension "artistique" avec un regard croisé Art et Science.
L'inscription à la Biennale est gratuite mais obligatoire; le nombre de  participants limité à 150.

Un nouveau système est dorénavant disponible sur la plateforme MicroPICell, il s'agit d'un macroscope doté d'une vision stéréoscopique pour la mnipulation avec une vue en 3D des échantillons.
Le macroscope est de plus équipé de la technologie apotome permettant de réaliser du sectionnement optique.

Ce macroscope est situé à l'UFR Odontologie, unité RMES, pièce 125



Le macroscope Axio Zoom.V16 offre à la fois une haute résolution et une plage de zoom 16x. Zoomez en continu depuis la vue d’ensemble jusqu’aux plus petits détails – avec une grande distance de travail dégagée et un seul objectif. 

Le système de micro patterning Primo de la société Alvéole est désormais présent sur la plateforme MicroPICell.
Primo est une solution d'impression de protéine sur des supports de culture cellulaire




Principe de Primo



Exemple d'utilisation

Perrine Paul-Gilloteaux, ingénieur en gestion et analyse de données images à la Structure fédérative de recherche (SFR) Santé François Bonamy, a été distinguée de la médaille de cristal du CNRS 2017 pour ses récents travaux de recherche dans le domaine de l'imagerie.

Cette distinction récompense plus particulièrement sa récente contribution au développement de nouvelles méthodes innovantes de traitement de données d'images multimodales dans le champ de la microscopie corrélative électronique et photonique. Une avancée importante permettant de répondre aux questions des chercheurs biologistes et des utilisateurs de plateformes de microscopie. Ces travaux de recherche ont récemment donné lieu à plusieurs publications en co-auteurs et citations dans plusieurs journaux et magazines internationaux (Nature methods,...)

Les médailles de cristal du CNRS distinguent chaque année des ingénieurs, techniciens ou administratifs qui, par leur créativité, leur maîtrise technique et leur sens de l'innovation, contribuent aux côtés des chercheurs à l'avancée des savoirs et à l'excellence de la recherche française.

Rencontres scientifiques

La Folle Journée de l'ImagerieNantaise

2e édition

Nantes - mardi 07 février 2017

Nous avons le plaisir de vous annoncer la programmation de la 2ème édition de la Folle Journée de l'Imagerie Nantaise, co-organisée et soutenue par près d'une douzaine d'institutions académiques nantaises. Cette 2ème édition se déroulera le mardi 07 février 2017 à l'Ecole Centrale de Nantes. La forte participation et le contour des interventions de la 1ère édition (Faculté des Sciences et Techniques de l'Université de Nantes, 02 février 2016) nous ont amenés à faire évoluer le contenu de cette journée autour de cinq grands thèmes. Loin de s'exclure les uns les autres, ces thèmes pourront être transverses aux quatre sessions émaillant cette nouvelle Folle Journée afin de continuer à promouvoir les échanges interdisciplinaires qui en sont la force.

Nous espérons que chacune, chacun se reconnaîtra dans un ou plusieurs de ces grands thèmes et continuera de soutenir cette initiative nantaise visant à favoriser le partage des connaissances et l'émergence de collaborations interinstitutionnelles et pluridisciplinaires

L'inscription est gratuite mais obligatoire.

Inscrivez-vous sur le site www.follejournee-imagerie.univ-nantes.fr.

 

Les plateformes MicroPICell et APEX (Oniris) se sont associées avec la société Nikon Instrument afin de créer le Centre d'Excellence Nikon Nantes

 

"Nikon Instruments Europe, in partnership with the University of Nantes (IRS-UN) and the Nantes Atlantic College of Veterinary Medicine, Food Science and Engineering (ONIRIS), has opened the Nikon Center of Excellence Nantes, split across the two locations. The new Center of Excellence is a state-of-the-art facility, offering scientists access to Nikon's advanced imaging instruments in super-resolution and multiphoton microscopy, as well as an invaluable opportunity to exchange ideas in both cutting-edge research and optical expertise."

                                    
CONTACT

CofE Director:

Dr Laurence Dubreil
Dr Steven Nedellec

Address:

APEX at ONIRIS
UMR703 - PAnTher
INRA/Oniris - La Chantrerie
44307 Nantes

MicroPicell at IRS-UN
PF MicroPICell IRS-UN
8, quai Moncousu
BP 70721
44007 Nantes Cedex

Ouverte à l'ensemble du personnel de la SFR, cette imprimante peut avoir de nombreuses utilisations et notamment réparer les pièces de matériel scientifique (joints d'étanchéité, pièces de microscope, etc.), fabriquer des pièces sur mesure voire même imprimer du matériel pédagogique. La dimension maximale pour les impressions est de 30x20x25 cm. 

Vous pouvez télécharger des modèles de pièces sur http://www.thingiverse.com/ ou bien demander des pièces sur mesures à la plate-forme MicroPiCell.
Attention tout de même si vous voulez créer une pièce originale, n'oubliez pas que la création prend du temps ! 
Pour une pièce pré-conçue, comptez à peu près une heure d'impression en fonction de la taille de la pièce voulue. 

Les materiaux disponibles sont le PLA (Amidon Biodégradable), l'ABS (Plastique) et le Ninja Flex (Matière souple). 
Si vous voulez imprimer un objet dans une autre matière, vous pouvez évidemment ramener votre propre rouleau de la matière souhaitée. 

Vous pouvez contacter la plate-forme pour plus d'informations. Tarif 5 euros/ heure.

The Cancéropôle Grand Ouest is pleased to announce the first edition of the workshop 3D Bioprinting in Cancer Research which will be held in Nantes on July 5 ^th, 2017.

Co-organized by CRCINA, Phy-Os and MicroPICell platform, this workshop aims to present this new technology, which is attracting a high interest in cancer research as it allows the fabrication of living tissue as well as organs using cells and hydrogels in petri dishes, the biofabrication of 3D tumor models with biomimetic cell/cell and cell/extracellular matrix interactions.

Download Program
 

Mimicking the microenvironment of tumors using 3D Bioprinting will help the development of new therapies against cancers being an intermediate technology platform between traditional 2D monocellular cultures and animal models.

Focus will be made on the following items:

• Bioprinting tissues and organs
• Bioprinting tumors
• Micropatterning and Visualization 

Hands-on workshops with bioprinters will be organized:

Several 3D bioprinters will be available for testing and demonstration.

Attendees can register for specific workshop

Symposium will be limited to 120 attendees.

Key dates:

• Deadline for abtracts submission: April 14 ^th
• Early registration deadline: May 29^th
• Late registration deadline: June 16^th